Um ungestört putzen zu können, müssen die tierischen Bewohner erst einmal in einer Transportbox oder im Auslauf in Sicherheit gebracht werden. Nun kann das gesamte Inventar herausgenommen und die verschmutzte Einstreu entfernt werden. Hilfreich dabei ist eine feinporige Katzenstreu-Schaufel oder ein Kunststoff-Kehrblech. Das leere Gehege wird nun gründlich mit heißem Wasser ausgewischt.
Neben dem wöchentlichen Großputz sollte nasse Einstreu mehrmals wöchentlich ausgetauscht werden. Das beugt der Bildung von Parasiten und unangenehmen Gerüchen vor. Verschmähtes Frischfutter und plattgelegenes Heu müssen täglich entfernt werden. Auch Näpfe und Flaschen bedürfen der täglichen Reinigung. Näpfe lassen sich, wie normales Essgeschirr, mit Spülmittel und Schwamm reinigen. Viele Näpfe sind sogar spülmaschinengeeignet. Trinkflaschen rückt man am einfachsten mit einer Flaschenbürste zu Leibe. Bei Kalkablagerungen hilft Essigwasser: Einfach über Nacht einweichen lassen und gründlich nachspülen.
Kurzhaarige Meerschweinchen benötigen keine Unterstützung bei der Fellpflege, ihre langhaarigen Artgenossen hingegen schon. Meerschweinchen lassen Berührungen nur ungern über sich ergehen und betreiben auch mit ihren Artgenossen keine gegenseitige Fellpflege. Sich bürsten zu lassen entspricht nicht ihrem natürlichen Verhalten. Um den Tieren unnötigen Stress zu ersparen, sollte man den Tieren zuliebe wirklich nur dann zu Bürste und Kamm greifen, wenn es sich wirklich nicht vermeiden lässt.
Im Gegensatz zu kurzfelligen Meerschweinchen sind langhaarige Schweinchen auf eine helfende Hand bei der Fellpflege angewiesen. Fell, das auf dem Boden hängt, sollte eingekürzt werden, damit die Tiere sich ungestört putzen können. Kletten und verfilzte Stellen müssen aus dem Haarkleid herausgeschnitten werden. Da Meerschweinchen im Sommer schnell einen Hitzschlag erleiden können, sollte langes Fell in der heißen Jahreszeit kurz geschnitten werden. Bei der „Klettensuche“ darf eine weiche Bürste zum Einsatz kommen.
