Ein Auslauf bietet den Mäusen zusätzliche Bewegungsmöglichkeiten. Die große Freiheit muss auf jeden Fall gut gegen Ausbruchsversuche gesichert sein und im Auslauf alle eventuellen Gefahrenquellen entfernt werden: Giftige Pflanzen, Kabel und Schlupflöcher haben im Mäuseauslauf nichts zu suchen. Bei der Gestaltung des Auslaufs sind der Fantasie kaum Grenzen gesetzt: Heuhaufen, Parcours, Futterlabyrinth oder eine Buddelkiste mit verschiedenen Materialien bringen Abwechselung ins Mäuseleben. Versteckte Leckerli motivieren die kleinen Nager zur Erkundung des unbekannten Terrains.
Wichtig ist die Hygiene im Mäuseheim. So sollte das Schlafhaus täglich kontrolliert werden, hier lagern Farbmäuse mit Vorliebe Futter. Verdorbene Futterteile sollten auf jeden Fall umgehend entfernt werden. Farbmäuse sind dämmerungs- und nachtaktiv, zu dieser Zeit sollte auch die Kontrolle stattfinden, um die Tiere nicht unnötig zu stören oder gar zu ecken.
Die Einstreuhöhe im Käfig sollte bei etwa 10 cm liegen. Hier eignen sich Hanf, Birkenstreu, Stroh und Heu. Diese Streuarten sind besonders staubarm. Die Streu im Käfig sollte etwa zweimal pro Woche ausgewechselt werden. Die Näpfe sollten täglich mit heißem Wasser gereinigt werden, dabei bitte auf den Einsatz chemischer Reinigungsmittel verzichten.